RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 IGF1RP08069 1367 aa36.66■■■■□ 3.46
LIMS1-208ENST00000428064 JPH4Q96JJ6 628 aa36.62■■■■□ 3.45
LIMS1-208ENST00000428064 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa36.54■■■■□ 3.44
LIMS1-208ENST00000428064 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa36.41■■■■□ 3.42
LIMS1-208ENST00000428064 KIF13AQ9H1H9 1805 aa36.29■■■■□ 3.4
LIMS1-208ENST00000428064 ADCY10Q96PN6 1610 aa36.28■■■■□ 3.4
LIMS1-208ENST00000428064 MAPKBP1O60336 1514 aa36.26■■■■□ 3.4
LIMS1-208ENST00000428064 IQGAP2Q13576 1575 aa36.23■■■■□ 3.39
LIMS1-208ENST00000428064 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP36.16■■■■□ 3.38
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC10Q5T3U5 1492 aa36.16■■■■□ 3.38
LIMS1-208ENST00000428064 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa36.16■■■■□ 3.38
LIMS1-208ENST00000428064 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa36.15■■■■□ 3.38
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRGP23470 1445 aa36.1■■■■□ 3.37
LIMS1-208ENST00000428064 TNIKQ9UKE5 1360 aa36.1■■■■□ 3.37
LIMS1-208ENST00000428064 DIP2BQ9P265 1576 aa36.1■■■■□ 3.37
LIMS1-208ENST00000428064 DISP1Q96F81 1524 aa36.03■■■■□ 3.36
LIMS1-208ENST00000428064 UGGT2Q9NYU1 1516 aa36.03■■■■□ 3.36
LIMS1-208ENST00000428064 FAM69CQ0P6D2 419 aa35.99■■■■□ 3.35
LIMS1-208ENST00000428064 ABCC2Q92887 1545 aa35.97■■■■□ 3.35
LIMS1-208ENST00000428064 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa35.96■■■■□ 3.35
LIMS1-208ENST00000428064 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa35.91■■■■□ 3.34
LIMS1-208ENST00000428064 KIAA0556O60303 1618 aa35.9■■■■□ 3.34
LIMS1-208ENST00000428064 UACAQ9BZF9 1416 aa35.87■■■■□ 3.33
LIMS1-208ENST00000428064 PRXQ9BXM0 1461 aa35.85■■■■□ 3.33
LIMS1-208ENST00000428064 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP35.83■■■■□ 3.33
LIMS1-208ENST00000428064 PLB1Q6P1J6 1458 aa35.8■■■■□ 3.32
LIMS1-208ENST00000428064 KDM5BQ9UGL1 1544 aa35.78■■■■□ 3.32
LIMS1-208ENST00000428064 ASXL2Q76L83 1435 aa35.77■■■■□ 3.32
LIMS1-208ENST00000428064 GLI2P10070 1586 aa35.76■■■■□ 3.31
LIMS1-208ENST00000428064 GOLGA3Q08378 1498 aa35.73■■■■□ 3.31
LIMS1-208ENST00000428064 TSPOAP1O95153 1857 aa35.72■■■■□ 3.31
LIMS1-208ENST00000428064 KDM6BO15054 1643 aa35.71■■■■□ 3.31
LIMS1-208ENST00000428064 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP35.7■■■■□ 3.31
LIMS1-208ENST00000428064 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP35.68■■■■□ 3.3
LIMS1-208ENST00000428064 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP35.62■■■■□ 3.29
LIMS1-208ENST00000428064 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP35.59■■■■□ 3.29
LIMS1-208ENST00000428064 ABCA8O94911 1581 aa35.56■■■■□ 3.28
LIMS1-208ENST00000428064 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa35.56■■■■□ 3.28
LIMS1-208ENST00000428064 EEA1Q15075 1411 aa35.52■■■■□ 3.28
LIMS1-208ENST00000428064 CSRNP3Q8WYN3 585 aa35.5■■■■□ 3.27
LIMS1-208ENST00000428064 WDR7Q9Y4E6 1490 aa35.49■■■■□ 3.27
LIMS1-208ENST00000428064 TEX14Q8IWB6 1497 aa35.42■■■■□ 3.26
LIMS1-208ENST00000428064 SAMD9Q5K651 1589 aa35.42■■■■□ 3.26
LIMS1-208ENST00000428064 CFAP43Q8NDM7 1665 aa35.33■■■■□ 3.25
LIMS1-208ENST00000428064 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP35.29■■■■□ 3.24
LIMS1-208ENST00000428064 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP35.28■■■■□ 3.24
LIMS1-208ENST00000428064 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa35.27■■■■□ 3.24
LIMS1-208ENST00000428064 KIF21BO75037 1637 aa35.23■■■■□ 3.23
LIMS1-208ENST00000428064 CD109Q6YHK3 1445 aa35.21■■■■□ 3.23
LIMS1-208ENST00000428064 ATP10BO94823 1461 aa35.21■■■■□ 3.23
LIMS1-208ENST00000428064 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa35.21■■■■□ 3.23
LIMS1-208ENST00000428064 P3H3Q8IVL6 736 aa35.2■■■■□ 3.23
LIMS1-208ENST00000428064 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa35.19■■■■□ 3.22
LIMS1-208ENST00000428064 KCNH8Q96L42 1107 aa35.12■■■■□ 3.21
LIMS1-208ENST00000428064 EFCAB5A4FU69 1503 aa35.1■■■■□ 3.21
LIMS1-208ENST00000428064 ABCA9Q8IUA7 1624 aa35.08■■■■□ 3.21
LIMS1-208ENST00000428064 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP35.05■■■■□ 3.2
LIMS1-208ENST00000428064 FHOD3Q2V2M9 1422 aa35.05■■■■□ 3.2
LIMS1-208ENST00000428064 ARID3CA6NKF2 412 aa35.01■■■■□ 3.2
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRL1O94910 1474 aa35.01■■■■□ 3.19
LIMS1-208ENST00000428064 ARAP3Q8WWN8 1544 aa34.98■■■■□ 3.19
LIMS1-208ENST00000428064 PHLDB1Q86UU1 1377 aa34.94■■■■□ 3.18
LIMS1-208ENST00000428064 CHIC1Q5VXU3 224 aa34.93■■■■□ 3.18
LIMS1-208ENST00000428064 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP34.91■■■■□ 3.18
LIMS1-208ENST00000428064 NEO1Q92859 1461 aa34.87■■■■□ 3.17
LIMS1-208ENST00000428064 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP34.85■■■■□ 3.17
LIMS1-208ENST00000428064 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP34.85■■■■□ 3.17
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHD1A6NEE1 506 aa34.77■■■■□ 3.16
LIMS1-208ENST00000428064 UBTFP17480 764 aaKnown RBP34.74■■■■□ 3.15
LIMS1-208ENST00000428064 FMN1Q68DA7 1419 aa34.73■■■■□ 3.15
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa34.72■■■■□ 3.15
LIMS1-208ENST00000428064 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP34.71■■■■□ 3.15
LIMS1-208ENST00000428064 CFAP74Q9C0B2 1584 aa34.7■■■■□ 3.15
LIMS1-208ENST00000428064 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa34.7■■■■□ 3.14
LIMS1-208ENST00000428064 HECW1Q76N89 1606 aa34.69■■■■□ 3.14
LIMS1-208ENST00000428064 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP34.68■■■■□ 3.14
LIMS1-208ENST00000428064 TTC37Q6PGP7 1564 aa34.66■■■■□ 3.14
LIMS1-208ENST00000428064 FANCAO15360 1455 aa34.61■■■■□ 3.13
LIMS1-208ENST00000428064 RAPGEF3O95398 923 aa34.61■■■■□ 3.13
LIMS1-208ENST00000428064 RICTORQ6R327 1708 aa34.59■■■■□ 3.13
LIMS1-208ENST00000428064 EHMT2Q96KQ7 1210 aa34.59■■■■□ 3.13
LIMS1-208ENST00000428064 AKNAQ7Z591 1439 aa34.58■■■■□ 3.13
LIMS1-208ENST00000428064 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP34.57■■■■□ 3.12
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa34.52■■■■□ 3.12
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTSL3P82987 1691 aa34.51■■■■□ 3.12
LIMS1-208ENST00000428064 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa34.5■■■■□ 3.11
LIMS1-208ENST00000428064 HECW2Q9P2P5 1572 aa34.49■■■■□ 3.11
LIMS1-208ENST00000428064 PLCH2O75038 1416 aa34.48■■■■□ 3.11
LIMS1-208ENST00000428064 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP34.46■■■■□ 3.11
LIMS1-208ENST00000428064 BCORL1Q5H9F3 1711 aa34.45■■■■□ 3.11
LIMS1-208ENST00000428064 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa34.45■■■■□ 3.11
LIMS1-208ENST00000428064 MYO5CQ9NQX4 1742 aa34.44■■■■□ 3.1
LIMS1-208ENST00000428064 KIF14Q15058 1648 aa34.44■■■■□ 3.1
LIMS1-208ENST00000428064 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP34.42■■■■□ 3.1
LIMS1-208ENST00000428064 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP34.41■■■■□ 3.1
LIMS1-208ENST00000428064 MAGI2Q86UL8 1455 aa34.4■■■■□ 3.1
LIMS1-208ENST00000428064 CLIP1P30622 1438 aa34.37■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa34.37■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP34.36■■■■□ 3.09
LIMS1-208ENST00000428064 PTPRMP28827 1452 aa34.36■■■■□ 3.09
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