RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	ATP6V0E1	O15342	81 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFS7	O75251	213 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C3orf79	P0CE67	100 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CTRL	P40313	264 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RHOG	P84095	191 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	REL	Q04864	619 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FAM120AOS	Q5T036	256 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RNASEK	Q6P5S7	137 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF493	Q6ZR52	646 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FAM223A	Q8IWN6	122 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C5orf56	Q8N8D9	126 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C17orf77	Q96MU5	243 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZFAND3	Q9H8U3	227 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PTPRQ	Q9UMZ3	2332 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CFAP54	Q96N23	3096 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MALRD1	Q5VYJ5	2156 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV1-69D	A0A0B4J2H0	117 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM189	A5PLL7	270 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	OR2T8	A6NH00	312 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		M0R3E3	92 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SH2D1A	O60880	128 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV1-69	P01742	117 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV4-39	P01824	125 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BTF3	P20290	206 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NTF3	P20783	257 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	GPR183	P32249	361 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	UQCRFS1	P47985	274 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ECSCR	Q19T08	205 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C15orf32	Q32M92	178 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA45	Q537H7	98 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C19orf54	Q5BKX5	351 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	URB1-AS1	Q96HZ7	61 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PRR25	Q96S07	402 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TMUB1	Q9BVT8	246 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SSBP4	Q9BWG4	385 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MEGF9	Q9H1U4	602 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	HIF1AN	Q9NWT6	349 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	UQCR10	Q9UDW1	63 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PAM16	Q9Y3D7	125 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RNF114	Q9Y508	228 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SMAD5-AS1	Q9Y6J3	95 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		S4R3C0	116 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	POLE	Q07864	2286 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FRYL	O94915	3013 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ACACA	Q13085	2346 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZFHX2	Q9C0A1	2572 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C2orf70	A6NJV1	201 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	EREG	O14944	169 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CRX	O43186	299 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BUB3	O43684	328 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-23	P01764	117 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ARMS2	P0C7Q2	107 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LINC00614	P0C842	121 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CD33	P20138	364 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CRIP1	P50238	77 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	NUTF2	P61970	127 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ATP5G2	Q06055	141 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF705A	Q6ZN79	300 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	FAM19A2	Q8N3H0	131 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C10orf105	Q8TEF2	133 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC140	Q96MF4	163 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C8orf49	Q96NF6	230 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	METTL26	Q96S19	204 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CCL19	Q99731	98 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM70	Q9BUB7	260 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PPP1R14D	Q9NXH3	145 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	HSPB8	Q9UJY1	196 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF580	Q9UK33	172 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		U3KQE9	123 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		U3KQK5	164 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	RIF1	Q5UIP0	2472 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	MUC3A	Q02505	3323 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ICE1	Q9Y2F5	2266 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV9-2	A0A087WT02	112 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV2-40	A0A087WW87	121 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV41	A0A0B4J266	112 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV1-24	A0A0C4DH33	117 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1B0GV90	55 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CLPSL1	A2RUU4	121 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LEPROTL1	O95214	131 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV2D-40	P01614	121 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGHG4	P01861	327 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGF1	P05019	195 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGLC6	P0CF74	106 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	IGLC3	P0DOY3	106 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	DSCR9	P59020	149 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	HIST1H1A	Q02539	215 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LINC01559	Q495D7	138 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	LCN12	Q6JVE5	192 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	EBLN2	Q6P2I7	272 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	CLEC2A	Q6UVW9	174 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	PET117	Q6UWS5	81 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	UNQ5830/PRO19650/PRO19816	Q6UY13	95 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	BCL6B	Q8N143	479 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	ASCL2	Q99929	193 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CLN3-223	ENST00000566472	SPOCK3	Q9BQ16	436 aa		4.84	□□□□□ -1.63

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