RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 H1FOOQ8IZA3 346 aaPredicted RBP14.07□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 OR2K2Q8NGT1 345 aa14.07□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ACOT12Q8WYK0 555 aa14.07□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A46Q96AG3 418 aa14.07□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 C5orf30Q96GV9 206 aa14.07□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 STARD9Q9P2P6 4700 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 FAM223BA6NKX1 122 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SRRM4A7MD48 611 aaKnown RBP14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 CENPXA8MT69 81 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 RGS5O15539 181 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 OR9G9P0C7N8 305 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 DTYMKP23919 212 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 TNFSF8P32971 234 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ASAH1Q13510 395 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 DYRK1AQ13627 763 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ARFRP1Q13795 201 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 PRSS8Q16651 343 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 MRGPRG-AS1Q2M3A8 158 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 IL34Q6ZMJ4 242 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 FAM223AQ8IWN6 122 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 Q8N402 240 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ADAD2Q8NCV1 583 aaKnown RBP14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SNAPC3Q92966 411 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 PEMTQ9UBM1 199 aa14.06□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 A0A0B4J203 849 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 NOTOA8MTQ0 251 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SLC22A5O76082 557 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 CTXN2P0C2S0 81 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SYNJ2BPP57105 145 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 RPEL1Q2QD12 228 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 GTSCR1Q86UQ5 136 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 HAPLN4Q86UW8 402 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SRSF12Q8WXF0 261 aaKnown RBP14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ZNF486Q96H40 463 aaPredicted RBP14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SPATA25Q9BR10 227 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 RABL2AQ9UBK7 228 aaPredicted RBP14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 RABL2BQ9UNT1 228 aa14.05□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SMIM30A4D0T7 59 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 HMX3A6NHT5 357 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 MSGN1A6NI15 193 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 CRYZL1O95825 349 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 CDK10Q15131 360 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 TNXAQ16473 311 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 HACD4Q5VWC8 232 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SFXN4Q6P4A7 337 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ZNF645Q8N7E2 425 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SPIN2AQ99865 258 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SPIN2BQ9BPZ2 258 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 DIABLOQ9NR28 239 aa14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ZNF230Q9UIE0 474 aaPredicted RBP14.04□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 LINC00473A8K010 186 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 MPPED1O15442 326 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 TMEM127O75204 238 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SCGNO76038 276 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ACTL6BO94805 426 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 CSN3P07498 182 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 MMD2Q8IY49 270 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 MAFIPQ8WZ33 124 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 THAP7Q9BT49 309 aaPredicted RBP14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 EDA2RQ9HAV5 297 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 MRPS7Q9Y2R9 242 aaKnown RBP14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 PRELID3BQ9Y3B1 194 aa14.03□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 TRBV9A0A0B4J1U6 114 aa14.02□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 FABP12A6NFH5 140 aa14.02□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 ZFP69Q49AA0 526 aa14.02□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A42Q86VD7 318 aa14.02□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 LAX1Q8IWV1 398 aa14.02□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 OR2W1Q9Y3N9 320 aa14.02□□□□□ -0.16
CLN3-241ENST00000635861 TUSC2O75896 110 aa14.01□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 HLA-DMAP28067 261 aa14.01□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 TTC9CQ8N5M4 171 aa14.01□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 VSTM2AQ8TAG5 236 aa14.01□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 KCTD12Q96CX2 325 aaKnown RBP14.01□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 ATG5Q9H1Y0 275 aa14.01□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 SNAPC5O75971 98 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 TRBV12-3P01733 135 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 HLA-DQB1P01920 261 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 IFNA6P05013 189 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 SAA1P0DJI8 122 aaPredicted RBP14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 MECP2P51608 486 aaKnown RBP14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 RHOGP84095 191 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 ATP5G2Q06055 141 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 KCTD9Q7L273 389 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 NECAP1Q8NC96 275 aa14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 ZNF430Q9H8G1 570 aaPredicted RBP14□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 IGKV1D-8A0A087WSZ0 117 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 RBM14-RBM4A0A0A0MSL8 147 aaKnown RBP13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 LCE6AA0A183 80 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 INPP1P49441 399 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 EXOSC2Q13868 293 aaKnown RBP13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 HAGHQ16775 308 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 CDNFQ49AH0 187 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 TRIQKQ629K1 86 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 CNIH2Q6PI25 160 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 IDO2Q6ZQW0 420 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 ENKURQ8TC29 256 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 DIRAS2Q96HU8 199 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 HSD17B10Q99714 261 aaKnown RBP13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 SRRQ9GZT4 340 aa13.99□□□□□ -0.17
CLN3-241ENST00000635861 TUBA4BQ9H853 241 aa13.99□□□□□ -0.17
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.7 ms