RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478932.1

USP25-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 25, human

TSL 1 (best)

Gene USP25, Length 2,605 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP25-208	ENST00000478932	SKOR2	Q2VWA4	1001 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TICAM2	Q86XR7	235 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RAB11FIP4	Q86YS3	637 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CNBD1	Q8NA66	436 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GPT2	Q8TD30	523 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ARMT1	Q9H993	441 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ANKRD36C	Q5JPF3	1778 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RTL9	Q8NET4	1388 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SMIM22	K7EJ46	135 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GADD45B	O75293	160 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MBD4	O95243	580 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SCRN1	Q12765	414 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	UBE4A	Q14139	1066 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TXNRD1	Q16881	649 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	KLHL40	Q2TBA0	621 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	IL27	Q8NEV9	243 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NBPF3	Q9H094	633 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MTMR6	Q9Y217	621 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PCNT	O95613	3336 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GSG1L2	A8MUP6	293 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CDC37L1	Q7L3B6	337 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	USP48	Q86UV5	1035 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	LCORL	Q8N3X6	602 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF384	Q8TF68	577 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GTF3C6	Q969F1	213 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PANK2	Q9BZ23	570 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RAI14	Q9P0K7	980 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ATRN	O75882	1429 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PATL2	C9JE40	543 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FIBP	O43427	364 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PRC1	O43663	620 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CTDNEP1	O95476	244 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	APBA3	O96018	575 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	F13A1	P00488	732 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SERPINB2	P05120	415 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CYP7A1	P22680	504 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MCM5	P33992	734 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FOSB	P53539	338 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	IFNL3	Q8IZI9	196 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SDR42E1	Q8WUS8	393 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SENP2	Q9HC62	589 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	COL5A3	P25940	1745 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932		B4E1Z4	1266 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RXRA	P19793	462 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PRDX5	P30044	214 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ANTXR2	P58335	489 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TRDN	Q13061	729 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CHAF1A	Q13111	956 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NCOA7	Q8NI08	942 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	NAPB	Q9H115	298 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TOMM22	Q9NS69	142 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SLC4A4	Q9Y6R1	1079 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	DDX60	Q8IY21	1712 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CARMIL3	Q8ND23	1372 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FSD2	A1L4K1	749 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RGL2	O15211	777 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	KDM4A	O75164	1064 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	PDC	P20941	246 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	TDO2	P48775	406 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	GUCY1B3	Q02153	619 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	DDR1	Q08345	913 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	ZSCAN23	Q3MJ62	389 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	CYB5R4	Q7L1T6	521 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP25-208	ENST00000478932	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		4.86	□□□□□ -1.63

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