RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	ATG4	P53867	494 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	RCR2	Q03446	210 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YPS7	Q06325	596 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	CHS5	Q12114	671 aa	Known RBP	3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	USV1	Q12132	391 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	TAD3	Q9URQ3	322 aa		3.74	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	RPS17A	P02407	136 aa	Known RBP	3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	RPS17B	P14127	136 aa	Known RBP	3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	GFA1	P14742	717 aa	Known RBP	3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	PRP28	P23394	588 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	KIN82	P25341	720 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	SEC65	P29478	273 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YPT7	P32939	208 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	OAF3	P36023	863 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	TDP1	P38319	544 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YIL077C	P40508	320 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	CTR1	P49573	406 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	NOP15	P53927	220 aa	Predicted RBP	3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	PTA1	Q01329	785 aa	Predicted RBP	3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	YHM2	Q04013	314 aa		3.73	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	ABF1	P14164	731 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	IME1	P21190	360 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	DMC1	P25453	334 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	DID4	P36108	232 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	GLG1	P36143	616 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	UBP12	P39538	1254 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	BDH2	P39713	417 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	CCT7	P42943	550 aa	Known RBP	3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	RFX1	P48743	811 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	VPS73	P53142	486 aa	Known RBP	3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	HFI1	Q12060	488 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	MSL5	Q12186	476 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.72	□□□□□ -1.81	not detected
CSE4	YKL049C	TAF3	Q12297	353 aa		3.72	□□□□□ -1.81
CSE4	YKL049C	GLN4	P13188	809 aa	Known RBP	3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	PRP22	P24384	1145 aa	Known RBP	3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	SET3	P36124	751 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	UBS1	P38290	277 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	DUN1	P39009	513 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	BUD8	P41698	603 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	MPS3	P47069	682 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YFT2	Q06676	274 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	STP4	Q07351	490 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	APM4	Q99186	491 aa		3.71	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	RPS21A	P0C0V8	87 aa	Known RBP	3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	HCA4	P20448	770 aa	Known RBP	3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	NTH1	P32356	751 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	CTP1	P38152	299 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	FAT1	P38225	669 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	COS111	P38308	924 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YEN1	P40028	759 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	PXA1	P41909	870 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	IES1	P43579	692 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YGR151C	P53287	111 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	PPN1	Q04119	674 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YDL086W	Q07505	273 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	SUT2	Q12286	268 aa		3.7	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	FUB1	P25659	250 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	MSS1	P32559	526 aa	Predicted RBP	3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	GRX4	P32642	244 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YPT53	P36019	220 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	KHA1	P40309	873 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	VID28	P40547	921 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	TAH11	P47112	604 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	SPO1	P53541	631 aa		3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YSH1	Q06224	779 aa	Predicted RBP	3.69	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	KSP1	P38691	1029 aa	Known RBP	3.68	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YHR097C	P38809	366 aa	Known RBP	3.68	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	TAF4	P50105	388 aa		3.68	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	BMS1	Q08965	1183 aa	Known RBP	3.68	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	CDC26	P14724	124 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	TSR4	P25040	408 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	DAL3	P32459	195 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	GMH1	P36125	273 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	APL3	P38065	1025 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YIL166C	P40445	542 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	DUG1	P43616	481 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	RNR4	P49723	345 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	NMA2	P53204	395 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	SPC98	P53540	846 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	NSE5	Q03718	556 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	YPR027C	Q12079	277 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	RKI1	Q12189	258 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	RMP1	Q12530	201 aa		3.67	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	KCC4	P25389	1037 aa		3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	PRE4	P30657	266 aa		3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	EUG1	P32474	517 aa		3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	EMP70	P32802	667 aa		3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	ENP2	P48234	707 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	IZH3	Q07959	543 aa		3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	TRE2	Q08693	809 aa		3.66	□□□□□ -1.82
CSE4	YKL049C	ACO1	P19414	778 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.65	□□□□□ -1.83	not detected
CSE4	YKL049C	SPO11	P23179	398 aa		3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	DGR2	P32330	852 aa		3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	MF(ALPHA)2	P32435	120 aa		3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	PPZ2	P33329	710 aa		3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	SER1	P33330	395 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	MUP3	P38734	546 aa		3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	CRG1	P38892	291 aa	RIP-Chip data	3.65	□□□□□ -1.83	not detected
CSE4	YKL049C	TMN3	P40071	706 aa		3.65	□□□□□ -1.83
CSE4	YKL049C	GPP2	P40106	250 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.83

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