RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ZNF48	Q96MX3	618 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CHCHD6	Q9BRQ6	235 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	METTL9	Q9H1A3	318 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PLGRKT	Q9HBL7	147 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MMP26	Q9NRE1	261 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NUP50	Q9UKX7	468 aa		7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SF3B6	Q9Y3B4	125 aa	Known RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SOX21	Q9Y651	276 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TET2	Q6N021	2002 aa	Predicted RBP	7.26	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3OR16-10	A0A075B7F0	116 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TRAV1-2	A0A0B4J238	106 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1-9	A0A0C4DH69	117 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CCDC160	A6NGH7	325 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TRIM64C	A6NLI5	447 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NPIPB6	E9PJ23	425 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LGALS8	O00214	317 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	AKR7A2	O43488	359 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KDM4B	O94953	1096 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PTBP3	O95758	552 aa	Known RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ACAA1	P09110	424 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MUC1	P15941	1255 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IGFBP3	P17936	291 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RAB3B	P20337	219 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GATA3	P23771	443 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GADD45A	P24522	165 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FGF9	P31371	208 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CFHR2	P36980	270 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MDH2	P40926	338 aa	Known RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PTGFR	P43088	359 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GABRA2	P47869	451 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	BMX	P51813	675 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	BTG1	P62324	171 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IL13RA1	P78552	427 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	INSL4	Q14641	139 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SPRN	Q5BIV9	151 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	KLF17	Q5JT82	389 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SFRP4	Q6FHJ7	346 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	WDR82	Q6UXN9	313 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TMEM91	Q6ZNR0	172 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TPRA1	Q86W33	373 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SAXO1	Q8IYX7	474 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SPIC	Q8N5J4	248 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN4	Q8NAM6	433 aa	Predicted RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR52N4	Q8NGI2	321 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	HPSE2	Q8WWQ2	592 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	AQP3	Q92482	292 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ORAI1	Q96D31	301 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CEP19	Q96LK0	163 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SPACA5	Q96QH8	159 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR51E2	Q9H255	320 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RHOF	Q9HBH0	211 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SMURF1	Q9HCE7	757 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TXNL4B	Q9NX01	149 aa	Known RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GHRL	Q9UBU3	117 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MIOX	Q9UGB7	285 aa		7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	AK6	Q9Y3D8	172 aa	Known RBP	7.25	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TRAV8-7	A0A075B6U6	113 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OOEP	A6NGQ2	149 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520		H3BUI4	141 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PIN1P1	O15428	100 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FOXH1	O75593	365 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CPT2	P23786	658 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	PMEL	P40967	661 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CAPZA1	P52907	286 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SEC61A1	P61619	476 aa	Known RBP	7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LSM3	P62310	102 aa	Known RBP	7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SMIM21	Q3B7S5	101 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	GPR107	Q5VW38	600 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	AWAT2	Q6E213	333 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CD200R1L	Q6Q8B3	271 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SLC36A1	Q7Z2H8	476 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LRRC28	Q86X40	367 aa	Predicted RBP	7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	C1QL4	Q86Z23	238 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CALHM1	Q8IU99	346 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	C11orf53	Q8IXP5	236 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR51A2	Q8NGJ7	313 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	OR5D18	Q8NGL1	313 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	EMG1	Q92979	244 aa	Known RBP	7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SLAMF9	Q96A28	289 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A28	Q96A46	364 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MED30	Q96HR3	178 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	UQCC2	Q9BRT2	126 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	FUNDC2	Q9BWH2	189 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MS4A7	Q9GZW8	240 aa	Predicted RBP	7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TLNRD1	Q9H1K6	362 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	DCAF16	Q9NXF7	216 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	AUP1	Q9Y679	476 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520		V9GY05	133 aa		7.24	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	IGKV1-27	A0A075B6S5	117 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	MDFIC2	A0A1B0GVS7	189 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NKX6-3	A6NJ46	265 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SH2D1B	O14796	132 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SYNGR1	O43759	233 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	ANGPTL7	O43827	346 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	NOS1AP	O75052	506 aa	Predicted RBP	7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	RHBDL1	O75783	438 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	SC5D	O75845	299 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	CDRT1	O95170	752 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	LHB	P01229	141 aa		7.23	□□□□□ -1.25
USP4-213	ENST00000488520	TFAP2A	P05549	437 aa		7.23	□□□□□ -1.25

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