RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000474426.1

UBR3-208, Transcript of ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 3, human

TSL 1 (best)

Gene UBR3, Length 4,066 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UBR3-208	ENST00000474426	TFDP2	Q14188	446 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	IL11RA	Q14626	422 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ZNF169	Q14929	603 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	USF2	Q15853	346 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	HACD4	Q5VWC8	232 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CARD17	Q5XLA6	110 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	KRT80	Q6KB66	452 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	RWDD4	Q6NW29	188 aa	Known RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	DENND1B	Q6P3S1	775 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	FIGLA	Q6QHK4	219 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	FAM151B	Q6UXP7	276 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	UBE2R2	Q712K3	238 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PID1	Q7Z2X4	250 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MYPOP	Q86VE0	399 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TMEM17	Q86X19	198 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ECHDC2	Q86YB7	292 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PHF13	Q86YI8	300 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PRSS35	Q8N3Z0	413 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	C8orf58	Q8NAV2	365 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	GPR152	Q8TDT2	470 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	FAM172A	Q8WUF8	416 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	NR4A3	Q92570	626 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SH3YL1	Q96HL8	342 aa	Predicted RBP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MEGF10	Q96KG7	1140 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	LRR1	Q96L50	414 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	KRT12	Q99456	494 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CSTF2T	Q9H0L4	616 aa	Known RBP eCLIP	3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MLXIPL	Q9NP71	852 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ARHGEF3	Q9NR81	526 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ABCB10	Q9NRK6	738 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	IMPAD1	Q9NX62	359 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MED23	Q9ULK4	1368 aa		3.36	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CCDC187	A0A096LP49	1063 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426		A0A1W2PQL4	384 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	GMNC	A6NCL1	334 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	C2orf71	A6NGG8	1288 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TLR4	O00206	839 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SLC33A1	O00400	549 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TRIM24	O15164	1050 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	GLRA3	O75311	464 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	USP12	O75317	370 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SIX3	O95343	332 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PIGR	P01833	764 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	IFNA4	P05014	189 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CEACAM1	P13688	526 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	AMPD1	P23109	780 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MGAT1	P26572	445 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	GTF2E2	P29084	291 aa	Known RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	VIPR2	P41587	438 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	NDST1	P52848	882 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ATP5I	P56385	69 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ARF6	P62330	175 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MTAP	Q13126	283 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SERTAD2	Q14140	314 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ARL6IP1	Q15041	203 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CRY2	Q49AN0	593 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	OGFOD2	Q6N063	350 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	LETMD1	Q6P1Q0	360 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	RBM44	Q6ZP01	1051 aa	Known RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	FAM92B	Q6ZTR7	304 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SLC16A13	Q7RTY0	426 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ALYREF	Q86V81	257 aa	Known RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	LACC1	Q8IV20	430 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ARNTL2	Q8WYA1	636 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ERGIC1	Q969X5	290 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TXNDC15	Q96J42	360 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	NPY6R	Q99463	290 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	RTP3	Q9BQQ7	232 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MRO	Q9BYG7	248 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ILKAP	Q9H0C8	392 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	FN3KRP	Q9HA64	309 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	EXOSC5	Q9NQT4	235 aa	Known RBP eCLIP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CTPS2	Q9NRF8	586 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ZNF701	Q9NV72	531 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	DNAJC28	Q9NX36	388 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	COL20A1	Q9P218	1284 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SLCO3A1	Q9UIG8	710 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ANAPC7	Q9UJX3	599 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	SHOC2	Q9UQ13	582 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	MGAT4B	Q9UQ53	548 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	TNN	Q9UQP3	1299 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	POLR3K	Q9Y2Y1	108 aa	Predicted RBP	3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PCDHB14	Q9Y5E9	798 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PCDHA9	Q9Y5H5	950 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ALG5	Q9Y673	324 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	PIPSL	A2A3N6	862 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426		E9PAM4	449 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426		M0QZK8	103 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	B4GALT5	O43286	388 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	RNF13	O43567	381 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ANXA1	P04083	346 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	FAM58BP	P0C7Q3	252 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	ATP6V1B2	P21281	511 aa		3.35	□□□□□ -1.87
UBR3-208	ENST00000474426	CBL	P22681	906 aa		3.35	□□□□□ -1.87

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