RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000511105.1

PTPN13-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13, human

TSL 3

Gene PTPN13, Length 645 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN13-208	ENST00000511105	SCTR	P47872	440 aa		7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	ZSCAN1	Q8NBB4	408 aa		7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	ZNF428	Q96B54	188 aa		7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	TFIP11	Q9UBB9	837 aa	Known RBP	7.4	□□□□□ -1.22
PTPN13-208	ENST00000511105	EEA1	Q15075	1411 aa		7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CD109	Q6YHK3	1445 aa		7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ATP9B	O43861	1147 aa		7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	NR1H3	Q13133	447 aa		7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ELOA	Q14241	798 aa	Known RBP	7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	VWA5B2	Q8N398	1253 aa		7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	RNF217	Q8TC41	542 aa		7.39	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ABCA8	O94911	1581 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CDC14C	A4D256	554 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CARNS1	A5YM72	827 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	MEN1	O00255	615 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	KRT76	Q01546	638 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CNTNAP3B	Q96NU0	1288 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CNTNAP3	Q9BZ76	1288 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	PCDHB11	Q9Y5F2	797 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	KDM6B	O15054	1643 aa		7.38	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	SLC35F4	A4IF30	521 aa		7.37	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	SEMA3F	Q13275	785 aa		7.37	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		7.37	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105		A0A1W2PRU2	124 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	RNFT1	Q5M7Z0	435 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	TBC1D9	Q6ZT07	1266 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	RAB6B	Q9NRW1	208 aa		7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CUEDC1	Q9NWM3	386 aa	Predicted RBP	7.36	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105		E9PSI1	815 aa		7.35	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	COL25A1	Q9BXS0	654 aa	Predicted RBP	7.35	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ZMIZ1	Q9ULJ6	1067 aa		7.35	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	7.35	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	VSIG8	P0DPA2	414 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	POU4F2	Q12837	409 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	MLEC	Q14165	292 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	LYSMD3	Q7Z3D4	306 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		7.34	□□□□□ -1.23
PTPN13-208	ENST00000511105	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		7.34	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	GLI2	P10070	1586 aa		7.33	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	SAMD9	Q5K651	1589 aa		7.33	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	ITGA6	P23229	1130 aa		7.33	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		7.33	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		7.33	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	KIF21B	O75037	1637 aa		7.33	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	ERVK-9	P63128	1117 aa		7.32	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		7.32	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		7.32	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		7.32	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	USP17L3	A6NCW0	530 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	USP17L4	A6NCW7	530 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	TMEM164	Q5U3C3	297 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	WHAMM	Q8TF30	809 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	STK32A	Q8WU08	396 aa		7.31	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	FAM196B	A6NMK8	535 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	GPR25	O00155	361 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	RNF144A	P50876	292 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	RNF20	Q5VTR2	975 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	RIPOR1	Q6ZS17	1223 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	SV2A	Q7L0J3	742 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	AFAP1	Q8N556	730 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	NLRP3	Q96P20	1036 aa		7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	PIK3CD	O00329	1044 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	IGSF3	O75054	1194 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	PHKA2	P46019	1235 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	CDCA8	Q53HL2	280 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	PHLDB3	Q6NSJ2	640 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	NOVA2	Q9UNW9	492 aa	Known RBP	7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		7.29	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	CLIP1	P30622	1438 aa		7.28	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	USP17L5	A8MUK1	530 aa		7.28	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	DBN1	Q16643	649 aa		7.28	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	NANOS1	Q8WY41	292 aa	Known RBP	7.28	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	7.28	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	AKNA	Q7Z591	1439 aa		7.27	□□□□□ -1.24
PTPN13-208	ENST00000511105	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		7.27	□□□□□ -1.25
PTPN13-208	ENST00000511105	RBM47	A0AV96	593 aa	Known RBP	7.27	□□□□□ -1.25
PTPN13-208	ENST00000511105	USP17L15	C9J2P7	530 aa		7.27	□□□□□ -1.25

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