RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	RFC5	P38251	354 aa		6.83	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	SCP160	P06105	1222 aa	Known RBP RIP-Chip data	6.82	□□□□□ -1.32	not detected
VAR1	Q0140	RKM2	Q03942	479 aa		6.81	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	SIP5	P40210	489 aa	Known RBP	6.8	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	HRR25	P29295	494 aa	Known RBP	6.79	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	PLB1	P39105	664 aa		6.78	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	QRI1	P43123	477 aa	Known RBP	6.78	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	NOP12	Q08208	459 aa	Known RBP	6.78	□□□□□ -1.32
VAR1	Q0140	ADD66	P36040	267 aa		6.77	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	6.77	□□□□□ -1.33	not detected
VAR1	Q0140	KAR5	Q04746	504 aa		6.75	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	AIM39	Q08223	395 aa		6.75	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	NOC3	Q07896	663 aa	Predicted RBP	6.74	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	AFG2	P32794	780 aa		6.73	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	KIN2	P13186	1147 aa	Known RBP	6.72	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	STU2	P46675	888 aa		6.72	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	ACF4	P47129	309 aa		6.72	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	ATG1	P53104	897 aa		6.72	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	MAP1	Q01662	387 aa	Known RBP RIP-Chip data	6.72	□□□□□ -1.33	not detected
VAR1	Q0140	YCS4	Q06156	1176 aa		6.72	□□□□□ -1.33
VAR1	Q0140	RDH54	P38086	958 aa		6.71	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	APL1	P27351	700 aa		6.7	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	YFL054C	P43549	646 aa		6.7	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	TMN2	Q04562	672 aa		6.7	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	IOC3	P43596	787 aa		6.69	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	RSM26	P47141	266 aa		6.69	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	SIZ1	Q04195	904 aa		6.69	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	PFK1	P16861	987 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	UGA4	P32837	571 aa		6.68	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	RPN3	P40016	523 aa	Known RBP	6.68	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	PTC5	Q12511	572 aa		6.68	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	SVS1	Q12254	260 aa		6.67	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	HEM13	P11353	328 aa	Known RBP	6.65	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	PEX28	P38848	579 aa		6.65	□□□□□ -1.34
VAR1	Q0140	EXG2	P52911	562 aa		6.64	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	GPI13	Q07830	1017 aa		6.64	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	SQT1	P35184	431 aa		6.62	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	EST2	Q06163	884 aa		6.62	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	ALG3	P38179	458 aa		6.61	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	MCH5	Q08777	521 aa		6.61	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	YER158C	P40095	573 aa		6.6	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	MSC2	Q03455	724 aa		6.6	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	IRC10	Q08118	586 aa		6.6	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	DAK2	P43550	591 aa		6.59	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	SAM37	P50110	327 aa		6.59	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	ULP1	Q02724	621 aa		6.59	□□□□□ -1.35
VAR1	Q0140	YGL140C	P53120	1219 aa		6.58	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	SUB2	Q07478	446 aa	Known RBP	6.58	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	YPL260W	Q08977	551 aa		6.58	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	NDJ1	Q12366	352 aa		6.58	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	PRP40	P33203	583 aa	Known RBP	6.57	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	STB4	P50104	949 aa		6.57	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	TPO1	Q07824	586 aa		6.57	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	YLR040C	Q07988	224 aa		6.57	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	YOL073C	Q08232	322 aa		6.57	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	AFT2	Q08957	416 aa		6.56	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	PEP7	P32609	515 aa		6.55	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	CIC1	P38779	376 aa	Known RBP	6.55	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	PEX2	P32800	271 aa		6.54	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	MND2	P40577	368 aa		6.54	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	MET12	P46151	657 aa		6.54	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	ADY3	Q07732	790 aa		6.53	□□□□□ -1.36
VAR1	Q0140	DED1	P06634	604 aa	Known RBP	6.52	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	HIS5	P07172	385 aa		6.52	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	YAP7	Q08182	245 aa		6.52	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	LAS17	Q12446	633 aa		6.52	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	EFT1	P32324	842 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	SUL1	P38359	859 aa		6.51	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	KCS1	Q12494	1050 aa		6.51	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	TRL1	P09880	827 aa	Known RBP	6.49	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	CHA4	P43634	648 aa		6.49	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	YMR206W	Q03695	313 aa		6.49	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	ATG13	Q06628	738 aa		6.49	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	FRT1	Q99332	602 aa		6.49	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	MDM10	P18409	493 aa		6.48	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	MTH1	P35198	433 aa		6.48	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	POA1	P38218	177 aa		6.48	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	RPL34A	P87262	121 aa	Predicted RBP	6.48	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	OMS1	Q06668	471 aa		6.48	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	ICT1	Q12385	394 aa		6.48	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	KAR2	P16474	682 aa	Known RBP	6.47	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	BUL1	P48524	976 aa		6.47	□□□□□ -1.37
VAR1	Q0140	SEC23	P15303	768 aa	Known RBP	6.46	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	DAL4	Q04895	635 aa		6.46	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	RLF2	Q12495	606 aa		6.46	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	ACF2	Q12168	779 aa		6.43	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	YER152C	P10356	443 aa		6.42	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	GND2	P53319	492 aa		6.42	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	RAT1	Q02792	1006 aa	Known RBP	6.42	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	ACE2	P21192	770 aa		6.41	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	SPC42	P36094	363 aa		6.41	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	GRS1	P38088	690 aa	Known RBP	6.41	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	HOF1	Q05080	669 aa		6.41	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	ENB1	Q08299	606 aa		6.41	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	ZRG8	P40021	1076 aa		6.4	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	TIM44	Q01852	431 aa		6.4	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	MUK1	Q02866	612 aa		6.4	□□□□□ -1.38
VAR1	Q0140	NUT2	Q06213	157 aa		6.39	□□□□□ -1.39
VAR1	Q0140	MDJ2	P42834	146 aa		6.38	□□□□□ -1.39
VAR1	Q0140	ADI1	Q03677	179 aa		6.38	□□□□□ -1.39

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 78.2 ms