Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
TCOF1Q13428 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC011498.5-201ENST00000592027 486 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 ELANE-201ENST00000263621 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TCOF1Q13428 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
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