Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CIRBP-202ENST00000413636 1606 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 SSBP1-215ENST00000612337 884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
HOXC9P31274 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
HOXC9P31274 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms