Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHANK3Q9BYB0 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms