Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SYTL1-210ENST00000616558 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
COL4A4P53420 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms