Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 EGLN2-201ENST00000303961 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC137630.1-201ENST00000452042 782 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AP003501.2-201ENST00000524433 477 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TPGS2-221ENST00000614939 1268 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms