Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
TCOF1Q13428 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SSX2IP-210ENST00000605755 1933 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TCOF1Q13428 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
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