Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 THTPA-202ENST00000404535 1779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CR769775.1-204ENST00000439760 747 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
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USP4Q13107 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
USP4Q13107 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
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