Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIG1P18858 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIG1P18858 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIG1P18858 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIG1P18858 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
LIG1P18858 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CNOT9-209ENST00000627282 1621 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PCGF3-208ENST00000470161 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIG1P18858 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms