Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL4A1P02462 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
COL4A1P02462 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.9 ms