Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 HMBS-214ENST00000542729 1469 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 EPOR-201ENST00000222139 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ITGB4-201ENST00000200181 5919 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 KXD1-203ENST00000540691 1592 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 DUSP1-201ENST00000239223 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
KLHL28Q9NXS3 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms