Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SPSB1-203ENST00000377399 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
CCDC54Q8NEL0 TSC22D4-202ENST00000393991 1469 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HNRNPLL-206ENST00000410076 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CYHR1-202ENST00000403000 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MIXL1-202ENST00000542034 839 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 FXYD3-214ENST00000605677 633 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DMD-208ENST00000378680 1858 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 NPIPA8-201ENST00000525596 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GABRD-205ENST00000638771 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CCDC54Q8NEL0 GAS2L1P1-201ENST00000420145 1480 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms