Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
USP53Q70EK8 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GPR42-201ENST00000454971 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NME1-202ENST00000336097 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 NME1-203ENST00000393196 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 C17orf49-208ENST00000552402 760 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 mascRNA-menRNA.2-201ENST00000616984 58 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CXorf40A-208ENST00000434353 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 DBNL-219ENST00000490734 2004 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP53Q70EK8 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms