Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 HOXB-AS3-203ENST00000465846 434 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 LINC02317-201ENST00000555413 426 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PRTN3-202ENST00000544537 1036 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM28Q13263 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 UBL4A-202ENST00000369660 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM28Q13263 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
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