Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 HMBS-221ENST00000544387 1351 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 SPHK1-207ENST00000590959 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NUP88Q99567 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 TNFRSF19-202ENST00000382258 1625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NUP88Q99567 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.8 ms