Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC010735.2-201ENST00000607970 584 ntTSL 4 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 DNAJC8-201ENST00000263697 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 TNFRSF1A-201ENST00000162749 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
NPHP3Q7Z494 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 ETV4-204ENST00000545089 1628 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
NPHP3Q7Z494 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms