Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 SMN2-202ENST00000380742 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
USP41Q3LFD5 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 AC036111.1-201ENST00000533973 1582 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP41Q3LFD5 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms