Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 C9orf129-201ENST00000375419 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 MFAP1P1-201ENST00000442257 1255 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 OAZ1-211ENST00000602676 1148 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC097488.1-201ENST00000507834 756 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ETS1-207ENST00000531611 2134 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 MIR4674-201ENST00000582457 87 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 MRPL3-201ENST00000264995 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL9A3Q14050 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
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