Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC19.33■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 OTOP2-201ENST00000331427 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC02106-201ENST00000506534 606 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CIB2-208ENST00000560618 804 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL4A3Q01955 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms