Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CKBP1-201ENST00000565489 1086 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 LGALS9-202ENST00000313648 1378 ntTSL 3 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 OGFOD2-222ENST00000545317 1481 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 RNF170-205ENST00000526349 1338 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
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HOXD3P31249 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
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HOXD3P31249 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
HOXD3P31249 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 AGFG1-201ENST00000310078 8668 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC14.64□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
HOXD3P31249 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
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