Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 DBX1-201ENST00000524983 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 HSPB6-201ENST00000004982 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 LRRC42-203ENST00000371370 2037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RPS6KB2-201ENST00000312629 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 DBN1-210ENST00000512501 1878 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 INGX-201ENST00000359239 846 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 AL359399.1-201ENST00000557610 462 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
HOXD4P09016 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms