Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL3A1P02461 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CD164L2-202ENST00000374027 1457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 P2RX2-206ENST00000389110 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 TSPY5P-201ENST00000426936 936 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 RELB-201ENST00000221452 2294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL3A1P02461 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms