Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 C6orf89-203ENST00000373685 1400 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PCBP3-206ENST00000400314 2202 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 C1orf50-201ENST00000372525 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SMC5-AS1-201ENST00000594708 1818 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PEX16-210ENST00000532681 1639 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 GDF5OS-201ENST00000374375 1734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
KLHL28Q9NXS3 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms