Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LINC01238-205ENST00000567549 1107 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TRMT6-202ENST00000453074 2239 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ATP5L-201ENST00000300688 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CHMP4AQ9BY43 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms