Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
HOXC9P31274 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HOXC9P31274 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms