Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 FARSA-207ENST00000588025 2057 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 PAIP1-203ENST00000436644 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A51-202ENST00000377716 1691 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 TPD52-209ENST00000518937 2856 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP3Q9Y3E7 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT1P6-201ENST00000456472 1187 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D7-203ENST00000433992 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D7-207ENST00000612115 1734 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ZFC3H1-206ENST00000548100 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
CHMP3Q9Y3E7 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms