Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SNHG10-201ENST00000500370 1531 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CHMP4AQ9BY43 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF1A-213ENST00000540022 1527 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ABHD14B-202ENST00000361143 1636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SAYSD1-201ENST00000229903 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 TPSB2-201ENST00000606293 1165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AL032819.2-201ENST00000624543 2162 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SLC16A5-206ENST00000580123 2019 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 AC093484.2-201ENST00000580996 2166 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CHMP4AQ9BY43 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms