Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ENOPH1-203ENST00000509635 1874 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 COLCA2-201ENST00000398035 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC3Q9BQI4 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CD70-201ENST00000245903 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC012618.3-203ENST00000426044 917 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AL451069.1-201ENST00000455414 634 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CYP46A1-202ENST00000380228 1597 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ZNF346-209ENST00000512315 1575 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AC140113.3-201ENST00000605663 199 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CENPA-202ENST00000335756 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SLC38A11-203ENST00000409149 1621 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ANXA8L1-203ENST00000613703 1874 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SERGEF-201ENST00000265965 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 C17orf62-221ENST00000581196 668 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC3Q9BQI4 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms