Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 SLC7A10-201ENST00000253188 1946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AP001271.2-201ENST00000624018 1556 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
USF3Q68DE3 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ZNF667-AS1-206ENST00000591797 535 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 GABBR1-202ENST00000376977 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 VSTM2B-201ENST00000335523 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 SOCS2-207ENST00000549206 2072 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
USF3Q68DE3 CHAC1-205ENST00000617961 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms