Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 FAM131A-204ENST00000418281 1664 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 SLC25A39-202ENST00000377095 1565 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 ACAA1-201ENST00000301810 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 YPEL5-205ENST00000402708 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 DECR2-212ENST00000627716 352 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 NCK2-205ENST00000451463 1795 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
VPS53Q5VIR6 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SUMF2-202ENST00000342190 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HOXA9-202ENST00000396345 797 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 DERL1-203ENST00000419562 918 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 GLRB-205ENST00000512619 728 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RBPMS-210ENST00000520191 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 C12orf76-208ENST00000551185 496 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS53Q5VIR6 KREMEN2-206ENST00000575885 1798 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms