Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CDK10-208ENST00000505473 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 BAALC-202ENST00000306391 243 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 BAALC-204ENST00000330955 222 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 TMSB4X-203ENST00000380636 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
COL5A3P25940 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL5A3P25940 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms