Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KANSL1-AS1-203ENST00000572973 424 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SLC36A1-209ENST00000521925 1621 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MAP3K14-AS1-203ENST00000585780 2475 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 CYP2D6-201ENST00000359033 1433 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ASNS-206ENST00000437628 1638 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TXNL4A-211ENST00000592837 611 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 BCS1L-201ENST00000359273 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 IGHMBP2-205ENST00000539224 785 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
HOXD4P09016 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms