Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 UNC93B7-201ENST00000509439 705 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CAMKV-205ENST00000467248 1688 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KLHL21-206ENST00000610898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ASMTL-202ENST00000381333 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC022150.1-201ENST00000599222 640 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ZBTB7B-201ENST00000292176 2129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 KRT8P3-201ENST00000519669 1449 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 CA11-201ENST00000084798 1844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 SPEG-225ENST00000617028 815 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC87Q9NVE4 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms