Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
TCOF1Q13428 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 C5orf49-202ENST00000509627 1020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AKIRIN1-201ENST00000372984 1330 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 NR2F1-205ENST00000615873 1427 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 RPA2-201ENST00000313433 1237 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 C12orf43-206ENST00000537817 1270 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
TCOF1Q13428 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
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