Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 OR2AM1P-201ENST00000422137 422 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC079780.1-201ENST00000428259 207 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC091286.1-201ENST00000431233 461 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RN7SL814P-201ENST00000487715 300 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC022784.7-201ENST00000520017 651 ntTSL 3 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL442163.3-201ENST00000554110 156 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC136932.1-201ENST00000574771 208 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SP2-AS1-204ENST00000585280 405 ntTSL 3 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 BX284668.6-201ENST00000606899 438 ntBASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 PSG1-205ENST00000595124 1692 ntTSL 2 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 VWC2L-202ENST00000427124 4480 ntTSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 PAN3-202ENST00000399613 4940 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MBNL1-203ENST00000324196 5225 ntTSL 5 BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 DOPEY1-202ENST00000349129 8210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 NCOA3-201ENST00000371997 6750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LRRC19-201ENST00000380055 3609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FAM184A-212ENST00000522284 2721 ntTSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL033384.1-202ENST00000431554 3104 ntTSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC126323.6-202ENST00000568092 3511 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 EDIL3-202ENST00000380138 4244 ntTSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SCN1A-218ENST00000640036 8131 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 OR4G2P-202ENST00000641004 1759 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 FGD4-210ENST00000525053 2925 ntTSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 PRLR-220ENST00000620785 11063 ntTSL 5 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 UGT8-202ENST00000394511 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 U3.6-201ENST00000363622 211 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNA5SP428-201ENST00000365129 132 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC00894-201ENST00000413076 403 ntTSL 3 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC010745.2-201ENST00000420404 839 ntTSL 3 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MTCO1P39-201ENST00000426148 480 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MTCO3P29-201ENST00000432119 779 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL049745.1-201ENST00000433953 286 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 TRAPPC2P9-201ENST00000434556 343 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RPL23AP22-201ENST00000437556 453 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 HIGD1AP2-201ENST00000446367 280 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL138767.2-201ENST00000446794 168 ntTSL 3 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL353152.1-201ENST00000455973 470 ntTSL 5 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNU7-87P-201ENST00000459343 62 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AK3P2-201ENST00000507976 429 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 COX6B1P5-201ENST00000509843 249 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNA5SP464-201ENST00000516251 108 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNU6-1338P-201ENST00000516328 91 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC084851.1-201ENST00000529105 249 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SYF2P1-201ENST00000550658 413 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 EDDM3DP-201ENST00000554692 434 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC013565.1-201ENST00000565938 597 ntTSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC011487.3-201ENST00000593607 453 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL360181.4-201ENST00000621752 134 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC091903.1-201ENST00000624322 454 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC092442.1-201ENST00000636216 138 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 CNGA1-203ENST00000420489 2746 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL391684.1-202ENST00000641293 1636 ntBASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LTA4H-202ENST00000413268 1908 ntTSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MYO9A-203ENST00000444904 7749 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC01933-204ENST00000524295 3591 ntTSL 2 BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RAB18-209ENST00000621805 4894 ntTSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SMNDC1-202ENST00000369603 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.32□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC009643.2-201ENST00000603543 1448 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 VPS13D-213ENST00000613099 16245 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 ING3-201ENST00000315870 3777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MRPL35-202ENST00000337109 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 ADGRL3-217ENST00000514591 6297 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 TNRC6B-206ENST00000454349 18279 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC01091-203ENST00000514823 5262 ntTSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MUCL1-201ENST00000308796 470 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
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USP4Q13107 Y_RNA.143-201ENST00000363520 106 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 Y_RNA.200-201ENST00000364018 102 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LST1-207ENST00000376092 285 ntTSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNU6-356P-201ENST00000384140 107 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
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USP4Q13107 MTCYBP2-201ENST00000407745 171 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 CYP1B1-AS1-202ENST00000427168 484 ntTSL 4 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL137076.1-201ENST00000441046 551 ntTSL 2 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 TDGF1P1-201ENST00000445734 527 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RN7SKP210-201ENST00000459176 261 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 IGLV2-34-201ENST00000490007 283 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC02122-201ENST00000511395 577 ntTSL 4 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNU6-612P-201ENST00000516909 102 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 IGHVII-53-1-201ENST00000519538 255 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 OOSP2-203ENST00000532905 496 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC107918.3-201ENST00000533272 382 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC008033.2-201ENST00000542626 177 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AF123462.1-201ENST00000554307 446 ntTSL 3 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MIR4300-201ENST00000581016 96 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SNORD84-203ENST00000584275 78 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SRD5A3-AS1-204ENST00000592823 542 ntTSL 5 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC092364.1-202ENST00000593824 565 ntTSL 4 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 U6.92-201ENST00000636464 89 ntBASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AC109462.4-201ENST00000637882 581 ntTSL 5 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 AL158066.1-201ENST00000451298 3796 ntTSL 2 BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 ARHGAP18-201ENST00000368149 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 KRR1-201ENST00000229214 10118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNF128-202ENST00000324342 2654 ntTSL 1 (best) BASIC5.3□□□□□ -1.56
USP4Q13107 MED13-201ENST00000397786 10465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.3□□□□□ -1.56
USP4Q13107 SDAD1P2-201ENST00000441308 2028 ntBASIC5.3□□□□□ -1.56
USP4Q13107 ZNF525-202ENST00000474037 3890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.3□□□□□ -1.56
USP4Q13107 PCDH15-206ENST00000373965 9237 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.3□□□□□ -1.56
USP4Q13107 LINC02555-201ENST00000563933 1951 ntBASIC5.3□□□□□ -1.56
USP4Q13107 RNU6-1266P-201ENST00000362794 105 ntBASIC5.3□□□□□ -1.56
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