Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CHMP4A-201ENST00000347519 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CRYBB2P1-202ENST00000382734 1364 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AL353719.1-201ENST00000566847 864 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CERS4-201ENST00000251363 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC128688.1-201ENST00000487626 519 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 VAV1-210ENST00000602142 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 AC010653.2-201ENST00000623505 997 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
USP3Q9Y6I4 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms