Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 HOXB6-201ENST00000225648 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC124066.1-201ENST00000581122 1660 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SBDS-201ENST00000246868 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 GPR139-202ENST00000570682 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 IL17C-201ENST00000244241 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 NFIB-207ENST00000397579 3129 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PPHLN1-213ENST00000549190 1777 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AGTR1-209ENST00000497524 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RDH13-203ENST00000415061 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TSG101-201ENST00000251968 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 DNASE1L2-203ENST00000564065 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PRMT1-201ENST00000391851 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PRSS44-201ENST00000515154 1146 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AKIP1-207ENST00000529876 1421 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TSPY17P-201ENST00000450329 467 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 CYP2A7-202ENST00000301146 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 AC139491.1-201ENST00000512675 1516 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
CHMP3Q9Y3E7 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms