Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 DHRS4L2-202ENST00000397071 1117 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
LHX3Q9UBR4 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 FKBP8-206ENST00000596558 1756 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TNNT3-206ENST00000381579 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 AP002433.1-201ENST00000525548 964 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 L34079.3-201ENST00000600242 546 ntTSL 4 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ACBD4-215ENST00000592162 1684 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 AC092338.2-201ENST00000568827 1415 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 GALE-201ENST00000374497 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TYROBP-209ENST00000589517 415 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 MRPL54-201ENST00000330133 626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 AL445685.1-201ENST00000425802 762 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 CD151-201ENST00000322008 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LHX3Q9UBR4 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms