Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FGF17-201ENST00000359441 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GOSR2-210ENST00000576910 1891 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TUBA8-201ENST00000316027 1518 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 FEZF1-202ENST00000427185 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
VPS39Q96JC1 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GPRC5C-205ENST00000481232 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FBXO27-207ENST00000600828 1557 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 GIPR-202ENST00000304207 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS39Q96JC1 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 149 ms