Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 RASSF1-202ENST00000357043 1864 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC233280.1-201ENST00000423600 1684 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PNKP-207ENST00000596014 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NME6-209ENST00000442597 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC011506.1-201ENST00000474329 610 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 LINC02167-201ENST00000562769 594 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CPZ-202ENST00000360986 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 KCNIP4-206ENST00000447367 1641 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ALKAL1-202ENST00000523939 536 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 GPBAR1-202ENST00000519574 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXA4Q00056 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 DDAH2-211ENST00000375787 1330 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 P4HB-203ENST00000439918 1502 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 FAM228A-201ENST00000295150 1774 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 UBE2K-203ENST00000445950 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 RPL7-202ENST00000396465 1308 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 HOXD12-202ENST00000406506 1318 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ANKS1A-201ENST00000360359 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HOXA4Q00056 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms