Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
LIG1P18858 C21orf91-203ENST00000400559 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC073107.1-201ENST00000633579 1962 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SLC25A47-201ENST00000361529 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SLC39A1-209ENST00000537590 2022 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 TBC1D4-201ENST00000377625 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC126773.2-201ENST00000562172 1682 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
LIG1P18858 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
LIG1P18858 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIG1P18858 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
LIG1P18858 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG1P18858 STARD3-209ENST00000544210 1666 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG1P18858 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG1P18858 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG1P18858 ANKMY1-209ENST00000405523 1827 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG1P18858 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
LIG1P18858 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms