Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PER3-203ENST00000377541 1524 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC004448.5-201ENST00000579897 567 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 FCMR-202ENST00000442471 1441 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 MLST8-232ENST00000569417 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.64
COL3A1P02461 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 RBM45-201ENST00000286070 1785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL3A1P02461 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms